敷金の取り扱い
国税庁のホームページを見ると、敷金や権利金の取り扱いは、「事業用の建物の賃貸借契約の締結や更新に伴う保証金、権利金、敷金又は更新料などのうち、返還しないものは、権利の設定の対価となりますので、資産の譲渡等の対価として課税の対象となり、契約の終了により返還される保証金や敷金などは、資産の譲渡等の対価に該当しないので、課税の対象にはなりません。」とあります。
返還しないものは課税対象で、返還するものに関しては課税の対象にならないとのことです。

敷金・保証金が収入として取り扱われるケース
敷金や保証金は、本来入居者が家賃などの滞納があった場合などの担保として、家主に預けておくという性質の金銭です。
原則として、通常使用で家賃の滞納などが無ければ、全額返還されるべきお金です。
よって敷金や保証金が家主の収入なるというわけではありません。
しかし契約内容などによって、一定期間などが経過した場合敷金や保証金の一部、もしくは全額家主に帰属するなどという契約をしている場合は、実質権利金や更新料と同じように扱われることになります。
こういった場合の計上時期というのは、入居者の退去時などではなく物件を引き渡す契約時になります。

敷金の問題点
敷金は基本的に担保として預けておくという性質のお金であり、通常使用であれば原則全額返還されるべきお金ではあるのですが、特約などによって原状回復費用やクリーニング費用といった形で敷金から差し引かれる場合があります。
こういった契約内容や特約の事項がその物件ごとまたは地域によって違う事もあり、敷金返還を巡るトラブルは現在でもかなり多いようです。
ちなみに関西方面では敷金ではなく、敷引きという事も多く、この敷引きは原則返還されません。
イメージとしては敷金と礼金を合わせたようなものが敷引きです。
こういった違いを消費者である私たちがすべて理解するのは不可能です。
ゆえにトラブルを避けるために近年では敷金を不要にし、退去時にクリーニング代などの名目で一定額の料金を請求するような物件は増えているようです。
敷金の返還を巡り退去時にトラブルなどにならぬよう、契約書などはしっかり確認することをおすすめします。
わからないことなどあれば、契約前に不動産担当者などに確認するようにしましょう。
納得のいく契約をして、退去時のトラブルは出来るだけ避けましょう。